首先，它们要经过清洁和消毒以杀灭沙门氏菌和预防禽流感病菌。看到这里我们又会困惑：不是说清洗鸡蛋会破坏鸡蛋表面的胶状保护物质，反而不利于鸡蛋的保存么？事实上，鸡蛋到底该不该洗，还真是一个颇具争议的话题。
   在美国，政府和其他一些相关组织机构一般不建议消费者清洗从超市买回的鸡蛋，原因并不是前面提到的不利于鸡蛋的保存，而是鸡蛋已经被洗过了。美国农业部要求，养殖场内所有直接出售给消费者食用的鸡蛋在包装上市前，都需要经过彻底的清洗除去鸡蛋表面的污垢，所以在美国超市买到的鸡蛋都是洁净蛋。除了美国，西方发达国家鸡蛋在上市销售前通常也会先进行清洗。
   对鸡蛋清洗争议在于：人们此前一直认为，清洗鸡蛋外壳会破坏鸡蛋表面起保护作用的胶质层，将充满微小孔洞的蛋壳暴露出来，这样不仅使细菌更加容易进入鸡蛋内部，也可能导致鸡蛋内部水分的流失，因此反而不利于鸡蛋的保存。针对这一担心，美国通行的做法是在清洗消毒鸡蛋表面后迅速将其涂上一层食品级白矿油（必须是3H级食品级白矿油）后经过烘干干燥，使白油分子重新将外壳上的微孔封闭起来干燥后形成油膜，这样不仅不会损耗鸡蛋营养成分而且食品级白矿油油膜能延长鸡蛋的储存时间。
   沙门氏菌主要寄存在家禽的排泄物中，且不耐高温，所以不建议在未加工之前直接生食，无论买到的鸡蛋是否经过了清洗消毒，将鸡蛋彻底煮熟再食用都是保证安全、避免食物中毒的有效的措施。